Да, по уму если, то надо было сперва разрешение получать, а потом уже затевать все эти работы. Но в любом случае сейчас поздно уже об этом размышлять. Вместо надо думать как сейчас из ситуации выпутаться. Я считаю, что вам надо поискать фирму, которая может помочь с узакониванием перепланировок в Москва. Сюда, например, обратиться можно: https://city-planning.ru/